Do khả năng tương thích ngược với các trò chơi Game Boy, Game Boy Color đã có sẵn một thư viện lớn các game có thể chơi được khi ra mắt. Hệ máy này đã tích lũy một thư viện ấn tượng gồm 576 game Game Boy Color trong khoảng thời gian bốn năm. Mặc dù phần lớn các trò chơi là độc quyền, khoảng 30% tựa game được phát hành tương thích ngược với Game Boy gốc.

Trong khi Tetris cho Game Boy gốc là trò chơi bán chạy nhất tương thích với máy, Pokémon Gold và Silver là trò chơi bán chạy nhất được phát triển cho Game Boy Color. Trò chơi độc quyền Game Boy Color bán chạy nhất là Pokémon Crystal.

Trò chơi Game Boy Color cuối cùng được phát hành là Doraemon no Study Boy: Kanji Yomikaki Master, được phát hành độc quyền tại Nhật Bản vào ngày 18 tháng 7 năm 2003. Tại Bắc Mỹ, Harry Potter and the Chamber of Secrets, phát hành vào ngày 15 tháng 11 năm 2002, là trò chơi cuối cùng được phát hành. Ở châu Âu, trò chơi cuối cùng được phát hành là Hamtaro: Ham-Hams Unite! ngày 10 tháng 1 năm 2003.